Tytułowa zatoka mieści się w japońskim miasteczku Taiji - urzekającym kurorcie, który na każdym kroku chwali się swoją największą dumą: delfiny na wielkich billboardach i na murach, przy drogach, w parkach (rzeźby w kształcie delfinów) i na chodniku. Tu mieści się m.in. Muzeum Wielorybów Taiji i jedno z wielu na świecie oceanariów, gdzie przyprowadzane przez rodziców dzieci patrzą na delfinie tańce w wodzie.

Większość z mieszkańców nie ma pojęcia, że przez kilka miesięcy, każdego roku, te same sympatyczne delfiny są tu masowo łapane i zabijane. "To rzeź" - mówi główny bohater (nagrodzonego Oscarem) dokumentu Richard O'Barry, kiedyś najsłynniejszy trener delfinów, który pracował przy serialu "Flipper" (dzięki czemu dorobił się sporych pieniędzy: "Zamiast uwalniać zwierzęta, co roku kupowałem sobie nowe porsche") i wywołał światową modę na delfiny: "Przez 10 lat współtworzyłem przemysł, z którym przez następne 35 lat próbuję walczyć".

Reżyser Louie Psihoyosa, słynny fotograf nagrodzony m.in. World Press Photo, ubiera swój film w formę nachalnego chwilami thrillera. O'Barry'ego, który razem z grupą przyjaciół chce zarejestrować zabijanie delfinów, ciągle ktoś śledzi albo przesłuchuje. Ekipa, która pomaga w tajnej misji, porównywana jest do „tej z »Ocean's Eleven «”. Jednak nawet jeśli formą rządzi tu mocno sensacyjna maniera - spisek polityków, rybaków i organizacji ekologicznych okazuje się koniec końcem faktem.

Kulminacyjnym punktem są tu przygotowania do tajnej operacji reportersko-detektywistycznej: żeby zarejestrować, co się naprawdę w zatoce dzieje, trzeba przemycić tam nocą tony sprzętu, dobrze go ukryć (m.in. w kamieniach), a potem bezpiecznie wydobyć. Brawurowa akcja kończy się powodzeniem (przerażająco wygląda czerwony od krwi ocean), ale do prawdziwego sukcesu daleko - czy dokument może zmienić mentalność i nasz stosunek do delfinów?

Psihoyos takie ambicje ma: opowiada o delfinach jako o zwierzętach, które być może mają większą inteligencję niż człowiek, krytykuje wszelkie oceanaria i wodne parki rozrywki (w niewoli - mówi O'Barry - delfiny wpadają w depresję, a nawet "świadomie przestają oddychać, czyli popełniają samobójstwo"). Jest wreszcie przeciwnikiem jedzenia delfinów (przez jakiś czas w Taiji były obowiązkowym daniem w szkolnych stołówkach!), bo ich organizmy skażone są rtęcią.

Trudno się nie zgodzić z argumentami nie zgodzić, ale w "Zatoce delfinów" nie tylko o to przecież chodzi: być może najważniejsza jest tu zmęczona, nieco szalona twarz samego O'Barry'ego, który wie, że rozpętał kiedyś machinę i choć próbuję z nią desperacko walczyć, nie jest już w stanie jej zatrzymać.