Lew Alex, Zebra Marty, Żyrafa Melman oraz Hipopotamica Gloria prowadzą wygodne życie w nowojorskim zoo w Central Parku. Pewnego dnia Marty przy pomocy pingwinów ucieka z ogrodu zoologicznego, aby poznać nieznany dotąd świat wolności. Przyjaciele zauważają jednak jego ucieczkę i postanawiają sprowadzić go z powrotem. Jednak nawet w Nowym Jorku lew, żyrafa i hipopotamica spacerujący po ulicach wywołują sensację. Wkrótce wszyscy zostają schwytani i wysłani statkiem do Afryki. Pingwinom udaje się jednak dokonać sabotażu statku, a Alex, Melman i Gloria docierają na egzotyczną wyspę Madagaskar. Dopiero teraz urodzeni nowojorczycy muszą nauczyć się przetrwania w dżungli.